Po bitke pri Moháči bolo Uhorsko bezbranné. Túto situáciu využili turecké pohyblivé jazdecké oddiely, ktoré obsadili skoro celú časť štátu. Zvyšok územia sa bránil, ale šľachta sa rozdelila do dvoch táborov, čím krajina mala dvoch kráľov - Ferdinanda I. Habsburského a Ján Zápoľského. Turci naoko podporovali Jána Zápoľského, ale išlo im o bohatú korisť a zajatcov.
Reformácia a jej vplyv na život poddaných
V 16. storočí nastúpila reformácia, ktorá sa začala vystúpením Martina Luthera v roku 1517 v Nemecku. V druhej polovici storočia sa začala šíriť aj na vidieku. Avšak katolícka cirkev sa snažila znova získať späť svoje stratené pozície. Aj sa jej to darilo, lebo akú mali vieru páni, takú museli mať i poddaní.
V tých dobách čachtické panstvo patrilo Nádašdyovcom, ktorí boli stúpencami reformácie a podporovali jej šírenie aj medzi svojimi poddanými. Predpokladá sa, že okolo roku 1595 postavili obyvatelia Krajného na vlastné náklady kostol i faru. Dôvodom bolo to, že za bohoslužbami museli chodiť do Vaďoviec alebo Čachtíc. Krajnianska fara bola dosť chudobná a tak obyvatelia dávali farárovi vyhradenú zbierku (merica žita, 2 kury, 1 sliepku, 1 koláč). Roku 1611 bola v Krajnom i cirkevná škola. Rektora stravoval farár.
Osídľovanie a rozvoj kopaničiarskych sídiel
Od druhej polovice 16. storočia začína v priestoroch Myjavskej pahorkatiny intenzívny osídľovací proces, v priebehu ktorého vznikajú nové drobné sídla (kopanice) v chotároch starších dedín. Kopaničiari sa mohli po vyplatení predpísaných dávok panstvu slobodne sťahovať z miesta na miesto. Okrem toho mali úplné dispozičné právo na svoje pozemky (kopanice). Mohli ich slobodne darovať, predať alebo dať za zálohu.
Nebývalý rast Krajného dokumentujú čísla zo súpisov poddanského obyvateľstva či už pre potreby panstva alebo Nitrianskej župy.
Vývoj počtu obyvateľov v Krajnom
| Rok | Počet poddanských rodín | Počet obývaných domov | Odhadovaný počet obyvateľov |
|---|---|---|---|
| 1568 | 19 | - | - |
| 1598 | - | 60 | ~350 |
| 1617 | 80 | - | - |
Správa panstva a obecná samospráva
Čachtické panstvo sa po smrti Alžbety Bátoričky, známej ako krvavá čachtická pani, delilo medzi jej deti a neskôr ďalšie pokolenia. Tieto vlastnícke zložitosti sa prejavili aj na osudoch samotného Krajného.
Už v 16. storočí fungovala obecná samospráva na čele s richtárom a obyčajne so 7 prísažnými. Krajné začalo od roku 1642 viesť obecnú knihu (knihu poľného práva), kde všetky majetkové zmeny zachytával obecný notár, ktorým býval spravidla miestny učiteľ. Za týchto okolností sa začala používať obecná pečať.
Turecké vpády a zmena majiteľov
Druhá polovica 17. storočia bola vyplnená záverečným zápisom s Osmanskou ríšou. Turkom sa v roku 1663 podarilo dobyť významnú pevnosť Nové Zámky a začalo sa dvadsaťročie hrozného rabovania celého juhozápadného Slovenska. V tom istom roku prepadli Turci mestečko Myjavu. O ich "návšteve" v Krajnom sa nezachovali žiadne doklady, ale všetci žili v strachu.
Koncom 17. storočia sa novým majiteľom skonfiškovanej Nádašdyovskej časti panstva stávajú Erdodyovci. Kráľ Leopold I. dal roku 1695 najskôr túto časť panstva do zálohu Krištofovi Antonovi Erdodymu za 200 000 zlatých. Pri tejto príležitosti spísali aj nový urbár panstva, v ktorom sa konštatuje, že Krajňanci majú s panstvom uzavretý kontakt.
